لا تقل مضار الأرجيلة مقارنة بالدخان , وبعض الدراسات تشير لخطرها الكبير والذي يعتبر أضعاف المخاطر التي تسببها عملية التدخين , ومن أهمها :
-يزيد تدخين الأرجيلة من فرصة التعرض للسرطانات , خصوصاً أنها تحفز إنتاج مستويات عالية من ثاني أكسيد الكربون والمواد الكيميائية المسببة للسرطان , مثل سرطان الرئة , والمثانة , وسرطانات الفم .
- تؤدي إلى التعرض لمشاكل وأمراض الجهاز التنفسي المتعددة .
- تؤثر على صحة القلب بحيث تزيد من معدل نبضات القلب وتؤدي إلى إرتفاع ضغط الدم كما تعرض الشخص للسكتة الدماغية .
- تعمل على تسهيل عملية إنتقال العدوى المرضية والبكتيريا بين الناس خصوصاً أنها عملية تشاركية في بعض الأحيان .
الشيشة أو الأرجيلة ، لا تختلف أضرارها عن الدخان العادي ، بل أن أضرارها أكبر وأخطر علي الشخص ، والقيام بتدخين رأس شيشية ، يعادل تدخين علبة دخان كاملة في وقت قصير . ومن أضرارها ، الاصابة بالأمراض الخطيرة مثل تليف الصدر وأنواع من السرطان ، ترفع ضغط الدم وتضر كثيرا بالشرايين والقلب ، تسبب نقل لكثير من الأمراض المعدية ، بسبب تعدد الأشخاص الميتخدمين للخرطوم عبر الأنف .