سمي المسجد الاقصي بهذا الاسم نظرا لبعده عن المسجد الحرام حيث ان كلمه الاقصي تعني البعيد وقد ذكر في القران في حادثه الاسراء والمعراج عندما اسري برسول الله الي المسجد الاقصي وذكر في السنه النبويه عندما قال رسول الله لا تشد الرحال الا الي ثلاث المسجد الحرام والمسجد الأقصى ومسجدي هذا
يقصد بالمسجد الاقصي اي المسجد البعيد ولقد ذكر في القران بهذا الاسم و الوصف في معرض قصة الاسراء و المعراج اللتى حدثت لسيدنا محمد عليه الصلاة و السلام فلقد وصف الله عز و جل المسجد المسجد الاقصي لبعده عن موطن رسول الله في مكة ببلاد الحجاز فسمي بذلك بالمسجد الاقصى
سمي المسجد الأقصى بهذا الأسم لبعده عن المسجد الحرام فكلمة الأقصى فتعني البيعد ، ويسمي أيضاً ببيت المقدس ، والذي يعني البيت المنزه أو المطهر ، كما يسميه البعض بالحرم الشريف إلا أن هذه التسمية خاطئة لأن المسجد الأقصى لا حرم فيه ، والذي بناه عبد الملك بن مروان ، ثم أكمل بناءه الخليفة الوليد بن عبد الملك. وتص مساحته إلى 144 دونم تقريباً.
سمي المسجد الأقصى بأسماء عديدة مختلفة ومن هذه التسميات "المسجد الأقصى" والأقصى هو الأبعد ويقال أنّه سمي الأقصى بسبب المسافة البعيدة بينه و بين المسجد الحرام ، وقد وردت تسميته في القرآن.