بما أن صلاة الإستخارة مشتملة على الدعاء ، وأفضل وقت للدعاء هو في الثلث الأخير من الليل ( وذلك كل ليلة ) لأن ذلك الوقت من أفضل أوقات الإجابة . ففي الحديث الشريف أن رسول الله صلى الله عليه وسلم قال: ( ينزل ربنا تبارك وتعالى كل ليلة إلى السماء الدنيا حين يبقى ثلث الليل الآخر يقول: من يدعوني فأستجيب له؟ من يسألني فأعطيه؟ من يستغفرني فأغفر له ) متفق عليه . كما تجوز صلاتها في كل وقت إلا أوقات النهي وهي : 1- بعد صلاة الفجر حتى تطلع الشمس . 2- من وقت طلوع الشمس حتى ترتفع مقدار رمح . 3- من بعد صلاة العصر حتى غروب الشمس . 4- من وقت ميل الشمس للغروب حتى تختفي . وعليه : فأفضل وقت لصلاة الإستخارة هو وقت الثلث الأخير من الليل يعني من الساعة الواحدة فجراً حتى آذان الفجر .