لا توجد رواية صحيحة للفترة التي سجن فيها سيدنا يوسف عليه السلام ولكن قدر العلماء 7 سنوات وهناك من يقولون 5 و12 سنة. وقيل أنه كان مسجون في قرية بوصير أو أبو صير في محافظة الجيزة.
لم يرد في القران الكريم قصة نبي من الانبياء بكل تفاصيلها بالقدر الذي فصلت فية قصة سيدنا يوسف عليه السلام ابتداء من طفولته ومرورا بمكر اخوته له و القاءه في البئر و بعدها كفالة غزيز مصر له ثم شبابة واغواء امراة الغزيز له ثم حبسة في السجن بامر امراة العزيز ثم معجزاته بقدرته في تاويل الاحلام و قصته مع رأيا ملك مصر اللتى قادت يوسف عليه السلام لبيت الوزارة بعد ان كان سجين ومما ذكره القران عن سجن يوسف عليه السلام انه مكث فيه بضع سنين و البضع في اللغة هو ما بين الثلاثة و التسعة
قال الله تعالى: ( ثُمَّ بَدَا لَهُم مِّن بَعْدِ مَا رَأَوُاْ الآيَاتِ لَيَسْجُنُنَّهُ حَتَّى حِينٍ ) {يوسف:35}، وقال تعالى : ( وَقَالَ لِلَّذِي ظَنَّ أَنَّهُ نَاجٍ مِّنْهُمَا اذْكُرْنِي عِندَ رَبِّكَ فَأَنسَاهُ الشَّيْطَانُ ذِكْرَ رَبِّهِ فَلَبِثَ فِي السِّجْنِ بِضْعَ سِنِينَ ) سورة يوسف (42) - البضع في اللغة العربية من 3 - 9 سنوات . - والبضع هو مدة العقوبة لا مدة الحبس . - والراجح أنه مكث في السجن ظلماً بسبب كيد إمرأة عزيز مصر مدة ( سبع سنوات ) .
يقال ان سيدنا يوسف عليه السلام لبث في السجن أربعين سنة حيث تعرض سيدنا يوسف عليه السلام للعديد من الابتلاءات على يدي اخوانه الذي ألقوه في الجب ثم علىيد عزيز مصر وزوجته حيث أُتهم من قبل امرأة العزيز بأنه يراودها عن نفسها فلبث في السجن بضع سنين ثم أظهر الله براءته وطهارته ليكون مسؤولاً في مصر وعلى عرشها بعد أن كان مهاناً مسجوناً
دخل سيدنا يوسف السجن بعد ان رفض اغواء امرأه العزيز له بممارسة الفحشاء معها فاتهتمته انه يراودها عن نفسها و هددته ان لم يفعل ما تريده سوف تسجنه فقال السجن احب الى مما تدعونى اليه فمكث فى السجن بضع سنوات حتى اظهر الله برائته و اخرجه من السجن ليتولى شئون مصر و يحميها من الفقر و الجوع.