تمر عملية فحص الغذاء بثلاث مراحل أساسية وكل مرحلة لها مواصفات وطرق معينة وأيضاً شروط معينة، مراحل الفحص بالترتيب: 1- الفحص الفيزيائي: والذي يعتبر فحص حسي يدوي من خلال النظر من ناحية اللون والشكل والرائحة للمنتج. 2- الفحص الكيميائي: للكشف عن وجود المواد الكيميائية المركبة للمنتج والتأكد من قيمها وفحصها للتأكد من مطابقتها المواصفات المطلوبة. 3- الفحص الجرثومي: للكشف عن وجود المكيروبات والجراثيم والبكتيريا الضارة التي قد تتواجد في المنتج وتحليلها للتأكد من سلامة المنتج والموافقة عليه قبل استهلاكه.