لا ينصح بتناول خل التفاح على الريق او مركز أو بكميات كبيره خلال اليوم، لانه قد يؤدي الى مشاكل في الجهاز الهضمي عند بعض الاشخاص نتيجة حموضته، بالاضافه الى انه يضعف مينا الاسنان فتزداد حساسيتها وقد يؤدي الى تسوسها، وهناك بعض التداخلات الدوائيه مع الخل مثل ادويه الانسولين، الادويه المدره للبول، لذلك ينصح باستشارة طبيب للتاكد من عدم حدوث تداخل دوائي فيما بينها .