يحدث خلل في امتصاص الغذاء في الجسم وإنتاج فيتامين K وفيتامين B12، وامتصاص الحديد والكالسيوم والماغنسيوم و قد يتسبب بقرحة المعدة اما في حال تغير الفلورا في منطقة المهبل فتسبب الالتهابات ينجم عنها رائحة كريهة و افرازات مع الاحساس بالحكة كما انه حسب بعض الدراسات فان الفلورا الغير طبيعية تسبب البدانه
يؤدي نقص تواجد البكتيريا النافعة أو الفلورا في الجسم إلى مضاعفات عديدة تشمل زيادة الغازات في البطن وانتفاخه، أما زيادة تواجدها فيؤدي إلى الإصابة بما يلي: