المواد التي تستعمل في التخدير تقوم على تعطيل جزء من الجهاز العصبي المركزي أو كله للفترة التي يحتاجها المريض للبقاء تحت التخدير مما يجعل الجسم لا يستجيب للإشارات الكهربائية الصادرة من الدماغ كما أن التخدير يؤثر على الدماغ بحيث يصاب المريض بعد الاستفاقة من التخدير بنوع من الهذيات وفقدان الذاكرة المؤقت.
تشير بعض الدراسات الى ان التخدير الكلي له انعكاسات سلبية على وظائف الدماغ حيث ان مضاعفات التخدير الكلي قد تسبب تلف في الدماغ بسبب قلة كمية الاوكسجين التي تصل اليه اثناء العملية الجراحية و قد يستمر تاثير التخدير الكلي على اادماغ لمدة ١١ يوم بعد العملية الجراحية