هناك اسباب عديدة يمكن ان تسبب التهاب في الأمعاء الدقيقية والغليظة وكل منها له امراضة الخاصة ويمكن ان تشترك الامعاء الدقيقة والغليظة في نفس الداء ومنها . •مرض الاتهاب القولون التقرحي يكون فقط في الامعاء الغليظة •مرض كرون ويكون في الامعاء الدقيقة والغليظة •التهاب الامعاء النكروزي (اي موت خلايا الامعاء ) ويكون بالغالب عند حديثي الولادة. •والتهاب القلولون الناتج عن الاستخدام المفرط لبعض انواع المضاادات الحيوية ويسمى التهاب القولون الكاذب ، وذلك لانه لايوجد التهاب بل قلة في البكتيريا النافة في الامعاء وزيادة نوع من انواع البكيريا الغير شديدة الخطورة ، ولكن يجب ان يعالج .
من أشهر الالتهابات التي تصيب الأمعاء : * التهابات الأمعاء الناتجة عن العدوى الطّفيليّة ، مثل الاصابة بعدوى الجيارديا أو الاصابة بعدوى الأميبا او الاصابة بعدوى البلهارسيا بأنواعها او الاصابة بعدوى ديدان الاسكارس او الدّيدان الشريطيّة . * التهابات الامعاء الناتجة عن الاصابة بالعدوى البكتيريّة مثل البكتيريا الحلزونيّة . * التهابات الأمعاء الناتجة عن الاصابة بالعدوى الفيروسيّة . ومن الجدير بالذكر ان التهابات الامعاء تسبب الاسهال الذي يصاحبه المخاط بالاضافة لظهور كميّة من الدّم بالبراز .