قسم الأطباء التهاب الكبد المناعي الذاتي الى نوعين وهما كالاتي:
النوع الأول من التهاب الكبد المناعي الذاتي: وهو النوع الأكثر شيوعاً للمرض ومعظم الأشخاص المصابين بالتهاب الكبد المناعي الذاتي لديهم أمراضٌ مناعية أخرى كحساسية القمح والتهاب المفاصل الروماتويدي.
النوع الثاني من التهاب الكبد المناعي الذاتي: قد يظهر هذا النوع لدى البالغين ولكنه أكثر شيوعاً لدى الأطفال واليافعين وقد ترتبط أمراض مناعة ذاتية أخرى مع هذا النوع.