يعد جهاز المناعة جهاز الدفاع عن جسم الكائن الحي سواء كان حيواناً أو انساناً و يقوم بمقاومة الاجسام الغريبة الداخلة لجسم العائل وذلك بحدوث مؤشرات مهمة مثل ارتفاع درجات الحرارة و تغير لون البشرة وارتفاع نسبة خلايا الدم البيضاء. تجرى الفحوصات المناعية للحيوانات بأخذ عينة دم و فصلها و استخدام مصلها بعمل الفحوصات المناعية مثل فحوصات تطابق الأنسجة والالتهابات و الأجسام المضادة للفيروسات والحساسية. ويتم اجراء فحوصات المناعة للحيوانات للكشف عن ضعف المناعة وقوتها وذلك بسبب انتشار فيروسات معينة بين الحيوانات قد تصبح مهددة لحياتها وتؤدي لانقراضها و عادة تنقل الحيوانات الثديات الفيروسات للانسان مثل الأبقار. ويتم التشخيص المناعي للحيوانات عن طريق معرفة وجود و تحديد عدد الأجسام المضادة لفيروس معين حيث يتم اعطاء المطعومات اللازمة للحيوان للحفاظ على حياتة ومكافحة الفيروسات. ومن أهم الفيروسات التي تؤدي لضعف المناعة عن الحيوانات فيروس انفلونزا الطيور وفيروس انفلونزا الخنازير الذي اصبح انتشاره بين الحيوان و الإنسان مهدداً للحياة و قاموا بتصنيع المطاعيم اللازمة له.