قد يحدث في بعض الاحيان فرط في نمو البكتيريا في الامعاء الدقيقه والتي تحتوي في الاصل على البكتيريا النافعه لكن بنسبه بسيطه ويحدث خلل يعرف ب فرط النمو البكتيري في الامعاء الدقيقه فيصاب الشخص بالعديد من الاعراض ومن اهمها الانتفاخ والاسهال والتقيؤ والغثيان وسوء التغذيه وخساره الوزن تباعا لذلك ومن مسببات هذا الخلل مرض السكري ومرض كرون وتصلب الجلد تعمل على احداث خلل في انتقال البكتيريا خارج الامعاء الدقيقه فيحدث فيها فرط وتتجمع البكتيريا فيها وفي كبار السن نظرا لبطؤ حركه الامعاء وفي حال استخدام الادويه التي تعرف ب مثبطات مضخه البروتون والعديد من الامراض المناعيه فيصاب الشخص بالهشاشه ولانميا وسوء التغذيه في حال لم يذهب للعلاج
إن البكتيريا النافعة تتواجد في أجسامنا بشكل طبيعي خاصة في الجهاز الهضمي وعندما يحدث اختلال في توازن هذه البكتيريا النافعة بسبب زيادة في نمو البكتيريا الغير نافعة فإن هذا يؤدي إلى إصابة المريض بحالات من المشاكل الهضمية أهمها تلك التي تتضمن الاسهال و تشنجات البطن و تراكم الغازات في البطن مما يؤدي إلى إزعاج المريض
من الممكن أن تحدث هذه الحالات في الأشخاص الذين يعانون من مشاكل في حركة الأمعاء (تكون حركة الأمعاء بطيئة) أو في حالات الخلل في تكوين الأمعاء الدقيقة نفسها أو في حالات الإصابة بأمراض منها مرض السيلياك أو مرض كرون و في حالات ضعف جهاز المناعة لدى المرضى