يوجد عدة أمراض يمكن أن تصيب كيس الصفن عند الذكور منها ما هو خلقي، ومنها ما يحدث بسبب التهابات أو عداوى، ومنها ما يحدث نتيجة أورام، ومن هذه الأمراض سرطانات الخصية، وانسداد القنوات المنوية، وعدم نزول الخصية، والخصية المهاجرة، والعداوى البكتيرية أو الفيروسية التي تصيب كيس الصفن.