اي اجراء طبي تداخلي قد يؤدي الى مضاعفات، خزعة الكبد عند الاطفال لها متطلبات عدة، و عادةً ما يتم اجرائها لاخذ عينة من الكبد لاجراء فحوصات و تشخيص الحالة، و احياناً لمتابعة زراعة الكبد. من اكثر المضاعفات شيوعاً و خطورة هو النزيف الذي قد يحدث عند الاجراء، ايضاً في بعض الاحيان قد يصاب اي عضو حول المنطقة كالقولون مثلاً. و عادةً لا يتم اجرائها الا في وحدات مخصصة من قبل طبيب مختص و بعد اجراء الفحوصات اللازمة
اصابة الطفل بالكدمات في مكان اخذ الخزعة و الالم المصاحب لسحب الخزعة النزيف لوقت طويل بعد اخذ الخزعة قد تصاب الاعضاء القريبة من الكبد اثناء اخذ الخزعة دون قصد دخول بكتيريا للبطن او الدم او ان يحدث تلوث عن اخذ الخزعة