من أسباب فشل الحقن المهجري وجود ضعف في التبويض لدى المرأة بسبب قلة مخزون البويضات في المبيضين، أو بسبب قلة جودة البويضات لدى المرأة أو الحيوانات المنوية أو الأجنة عند الرجل، وربما بسبب عدم انغراس الأجنة بالرحم اتي تكون بسبب عدم وجود تغذية دموية جيدة للرحم أو بعض العوامل الوراثية، بالإضافة إلى عدم وضع الأجنة في الموقع الصحيح، أو لقلة سماكة للرحم.