يعتمد علاج هذه الحالات على السبب الذي أدى إلى ظهور مخاط في البراز، حيث قد يكون السبب في ذلك هو الإصابة ببعض أنواع العدوى مثل بعض حالات الإصابة بالاميبا و في هذه الحالة يكون العلاج هو استخدام مضادات حيوية مناسبة و مضادات للطفيليات، كما أن ظهور ذلك قد ينتج نتيجة للإصابة بامراض القولون مثل حالات القولون التقرحي و مرض كرونز، الأمر الذي يستدعي العلاج بالادوية التي تعمل على تثبيط الأمراض الناتجة عن رد فعل المناعي الذاتي Autoimmune Disease
إن وجود مخاط في البراز (مع أو بدون دم) وبشاعة رائحته وميله إلى اللون الأخضر دليل على الإصابة بالزحار الأميبي (الدوزنطاريا الأميبية)، يفضل عمل فحص براز للتأكد من وجود الأميبا ثم إعطاء دواء المترونيدازول الذي يقضي على هذا النوع من الجراثيم بالإضافة إلى الأدوية التي تساعد في تخفيف الأعراض مثل أدوية المغص وأدوية خفض الحرارة والانتباه إلى إمداد الجسم بالكمية الكافية من السوائل خوفاً من الجفاف.
اذا كان يوجد مخاط قي البراز فهذا سعني ان هناك ديدان في البطن ولا يمكن السكوت لانها خطيرة وتؤدي الى الوفاه اذا تحوصلت فيجب الذهاب الى الطبيب المعالج فورا واستخدام الشربة التي تقضي على الديدان