يكمُن علاج التهابات المسالك البوليّة بإعطاء أدوية مضادة للالتهابات مع شرط الالتزام بالدذواء كميّاً و نوعياً من قبل المريض ، و يتم تحديد نوع المضاد الحيوي تبعاً لنتيجة عيّنة البول المزروعة مخبرياً بحيث تظهر البكتيريا المزروعة على الآغار بعد مرور 72 ساعة من زراعة العيّنة ، ومن الجدير بالذّكر أن هنالك أنواع أخرى من العلاج المتّبع في حالات التهاب المسالك البوليّة مثل : * شرب مغلي البقدونس . * شرب الماء بكميّات كبيرة . * اخذ بعض انواع مدرّات البول التي يقوم الطّبيب بصرفها تبعاً لسوء الحالة الناتجة عن الالتهاب و ذلك بهدف غسل مجرى البول من مسببات الالتهاب .
علاج المعتاد لكلا التهابات المسالك البولية البسيطة والمعقدة هو المضادات الحيوية. يعتمد نوع المضادات الحيوية ومدة العلاج على الظروف. من أمثلة المضادات الحيوية الشائعة المستخدمة في العلاج ، على سبيل المثال لا الحصر ، الأموكسيسيلين ، سلفاميثوكسازول / تريميثوبريم (باكتريم) ، سيبروفلوكساسين ، نيتروفورانتوين (ماكروبيد) ، وغيرها الكثير. سيختار مقدم الرعاية الصحية الخاص بك الدواء المناسب لحالتك والكائنات المسببة المحددة.