يعتمد علاج التهاب القولون على المسبب فقد يكون بسبب عادات يومية خاطئة مثل تناول الطعام الحار او الدسم بكثرة و عدم تناول الخضروات و شرب الماء ، فيكون العلاج بالاقلاع عن هذه العادة و شرب الماء و تناول الخضار اذا كان ناتج عن وجود بكتيريا يتم علاجه بالمضاد الحيوي ، اذا كانت عدوى فيروسية يتم علاجه باعطاء المريض السوائل و يتعافى مع الزمن اذا كان ناتج عن طفيليات مثل الاميبا يتم علاجه بمضاد للطفيليات اما التهاب القولون التقرحي فيتم علاجه بالكورتيزون و يتم علاجه تحت اشراف طبي