يتم علاج التهاب الاحليل من خلال المضاد الحيوي عندما يكون الالتهاب ناتج عن عدوى بكتيرية و قد يصف الطبيب اكثر من مضاد حيوي في حال عدم معرفة سبب العدوى و اذا كان الالتهاب ناتج عن عدوى جنسية فيتم علاج الطرفين بالمضاد الحيوي حتى يمنع تكرار الالتهاب و منع الاتصال الجنسي حتى الشفاء