يتم علاج الانتاميبا هستوليتيكا، في حال معاناة المريض من الأعراض، عبر تناوله لدواء ميترونيدازول لمدة تتراوح ما بين 7 و 10 أيام، أو دواء تينيدازول لثلاثة أو خمسة أيام. ويسبب هذا الأخير مضاعفات جانبية أقل من ميترونيدازول. وفي غضون ذلك، يتم إعطاء المريض السوائل والمعادن بالوريد إذا ما عانى من أعراض شديدة في الجهاز الهضمي، مثل التقيؤ والاسهال. أما في حال تكوين حويصلات (بالإنجليزية: Cysts)، فإن هذه الأدوية لا تكفي وحدها في العلاج، إنما يتم استخدام أدوية أخرى أيضاً، مثل أيودوكينول، وبارومايسين، وديلوكسانيد. ويتم استخدام واحد فقط من هذه الأدوية في حال خروج الحويصلات مع براز المريض دون معاناته من أية أعراض.