اسباب تشوه الجنين عديده ومن اهم هذه الاسباب : عدم اهتمام الام بالادويه التي تأخذها سواء من الفيتامينات وحمض الفوليك اسد وغيرها او بأخذ الادويه المسرطنه او التي تعمل على حدوث التشوهه بدون الانتباه ومعرفه اضرار كل دواء مثل التتراسيكلين والعديد من الادويه الاخرى او قد تكون بسبب وجود العديد من العوامل الوراثيه وعدم عمل فحوصات ما قبل الزواج او الاصابه بالعديد من الامراض المعديه مثل الهربس والزهري والحصبه والنكاف والتقدم في السن للحامل او الاصابه ببعض الامراض المزمنه والعديد من العوامل الاخرى ومنها الغير معروف حفظنا الله واياكم من كل سوء
يوجد 3% من الأجنة يولدون بتشوهات و لا يوجد سبب معين لهذه التشوهات. و يوجد أسباب أخرى متعلقة بالجينات ، كوجود خلل في الجينات أو الكرموسومات كمتلازمة داون و غيرها. و قد تكون طفرات جينية ، فسبب حدوث هذه التشوهات عند الجنين حدوث طفرة جينية لا توجد عند الأم و الأب و حالتهم الصحية ممتازة. و أيضاً إذا ما كان الزواج زواج أقارب ، و صفة متنحية عند الزوج وزوجته كأولاد العم أو قرابة دم كبيرة جداً فتصبح هذه الصفة المتنحية هي صفة سائدة عند الطفل و تسبب التشوهات.