من أسباب طقطقة الركبة وجود خلل في المفاصل أو بعض العوامل الوراثية بالإضافة إلى وجود فقاعات غازية حول المفاصل والسائل المرطب المحيط بها، والمعروف بالسائل السينوفي. أو وجود التهاب الأوتار القريبة من المفصل. أو احتكاك الأوتار مع بعضها البعض، وذلك نتيجة الضغط العالي على الأربطة نتيجة ضعف العضلات، والوزن الزائد. كما ويمكن أن يكون بسبب تآكل مفصل الركبة، بسبب التقدّم بالسن، وخشونتها. الخلع، أو تقارب عظام المفصل والأوتار على بعضها البعض، وذلك نتيجة شدّة الحركة، أو تغيير وضعية الجلوس.
نسمع صوت طقطقة الركبة بعد شعورنا بالتعب والإجهاد نتيجة الضغط على السائل الزلالي الموجود بين المفاصل وخروج الغازات الذائبة منه مما يؤدي إلى سماعنا صوت الطقطقة. ويمكن أن ينتج صوت الطقطقة أيضاً عن أسباب وراثية أو حدوث خلل في أربطة الركبة أو خشونة الركوبة وتلف الغضروف.