من أكقر الأسباب شيوعا لثقب القلب هي الأسباب الوراثية بسبب الجينات، مثل الاضطرابات الوراثية مثل متلازمة داون ، أو أن احد الوالدين لديه مشكلة القلب المثقوب، كما أن هناك اسباب وعوامل بيئية تلعب دورا كبيرا في مشكلة القلب المفتوح والتي يولد الطفل بها ، مثل:
التدخين، حيث أن الأم المدخنة أثناء الحمل أكثر عرضة لولادة طفل ذو قلب مثقوب.
سوء تغذية الأم أثناء الحمل.
أما عن أعراض ثقب القلب عند الأطفال، فقد لا تظهر اية اعراض وخاصة إذا كان الثقب في الحاجز الأذيني، إلا أنه مع النمو يكون وزن الطفل أقل من الطبيعي، والتعب وضيق النفس وانتفاخ القدمين والساقين، وحشرجة القلب.
يعد ثقب القلب من المشاكل الصحية التي قد تؤثر على طبيعة سير الدم بالجسم، وتعتبر مشكلة ثقب القلب من التشوّهات الخلقية التي يولد الجنين بها، ومن الممكن أن يكون ثقب القلب بالحاجز الذي يفصل بين الأذينين و من الممكن أن يكون بالحاجز الذي يفصل بين الحجرتين السفليتين أي البطينين. و يسبب مرض ثقب القلب مشاكل عديدة نتيجة اختلاط الدم بين الحجرتين بحيث يكون جزء من الدم مءكسد و جزء غير مؤكسد.
هنالك نوعان معروفان لثقوب القلب أحدهما عيب الحاجز البطيني VSD، والآخر عيب الحاجز الأذيني، وعلى الرغم من ارتباط الإصابة بكلا النوعين من ثقوب القلب بالتشوهات مجهولة السبب التي قد يُصاب بها الجنين أثناء تطوّر ونمو القلب، إلّأ أنّ للوراثة، والعوامل البيئية دوراً في تتطورهما، فتتسبب الاضطراربات الجينية بزيادة أو نُقصان بعض الأجزاء الكروموسومية المُرتبطة بتشوّه الحاجز الأُذيني، الذي عتبر أكثر شيوعاً عند الإناث، كما قد ينشأ التشوه في الحاجز البطيني نتيجة الإصابة بالجلطة القلبية أو كمضاعفات لإجراء أحد العمليات في القلب.
إن الأسباب التي تؤدي إلى حدوث ثقوب القلب أثناء نمو الجنين في بطن الأم هي أسباب غير واضحة
يرجح أن السبب يرجع إلى كونها أسبابا وراثية جينية تنشأ بسبب مشاكل في الكروموسومات
كما أن هناك عوامل تزيد من خطر إصابة الجنين بثقوب في القلب وهي تلك التي ترتبط بالعادات التي تقوم بها الأم في مرحلة الحمل فالتدخين في مرحلة الحمل أو شرب الكحول أو المواد المخدرة أو الأدوية التي قد تضر بالجنين أو عدم الحرص على تناول الغذاء الكامل الصحي المتوازن و المكملات الغذائية والفيتامينات التي يصفها الطبيب تزيد من خطر تكون ثقوب في قلب الجنين