مرض صغر الرأس ، أو صغر رأس الجنين له أسباب مثل ، التشوه أو العيب الخلقي ، نقص تزويد الرأس بالدم المؤكسد وهو في بطن أمه ، خلل في النمو أو في بعض الوظائف والكروموسومات ، المؤثرات الخارجية وعادات الأم مثل التدخين والادمان علي الكحول والمخدرات ، الأمراض التي تصاب به الأم وخاصة الأمراض الفيروسية المعدية ويتأثر بها الجنين وبالأخص الرأس .