مسببات القولون العصبي كثيرة منها الواضحة كالغدة الدرقية او التوتر الناجم عن الحياة اليومية والاجتماعية في العمل او البيت, او اسباب قد تؤثر على نفسية المريض وتظهر نتيجتها بالقولون.فان تم تحديد سببه وتم علاج المسبب للقولون العصبي فان القولون العصبي سوف يتم علاجه بمساعدة الادوية.اما اذا كان سبب القولون العصبي غير واضح الاسباب ويعاني منه المريض بشكل مزمن فيعطى المريض علاجات تخفف من اعراض القولون العصبي ولكن لايتم الشفاء منه.