اختيار المضاد الحيوي سواء كان محددًا أي مخصصًا لنوع معين من البكتيريا أم كان واسع الطيف أ يأنه من الممكن أن يؤثر على أنواع كثيرة من البكتيريا ، يعتمد بدرجة كبيرة على نوع العدوى و البكتيريا المسببة لها ، ظلكن قد يتم أحيانًا اختيار مضادات حيوية واسعة الطيف دون أن يكون هناك حاجة لها أو مع وجود بديل من المضادات الحيوية المحددة ، وهذا التصرف يزيد من احمالية حدوث المقاومة البكتيرية وحدوث خلل في التوازن البكتيري للبكتيريا النافعة التي تتواجد بصورة طبيعي في الجسم
من المهم جداً في خطة علاج المريض ، تحديد نوع الكائن الطفيلي المسبب للمرض ، مع تحديد نوع معين من المضاد الحيوي اللازم لعلاجه ، لأهمية هذه الاستراتيجية المتمثلة في 1-تقليل حدوث عدوى أو مضاعفات أخرى في الجسم أو ما يسمى (superinfection) الذي يسببه استخدام دواء واسع الطيف. 2- إضعاف فرصة نشوء طفيليات مقاومة للمضادات الحيوية . 3- تقليل التسمم . مع ذلك ، يوجد بعض الامراض التي تحتاج لاستخدام ودمج مجموعة من الادوية مثل مرض السل الرئوي .