يرجع السبب في تسمية البحر الأحمر إلى الطحالب ذات اللون الأحمر التي تنمو في داخله والتي في البداية تأخذ الشكل الأخضر والذي يتحول للأصفر ثم للأحمر.
وبعض الجهات المختصة تقول بأن السبب في تسميته بالبحر الأحمر هو وجود بعض السلاسل الجبلية التي تكتسي باللون الأحمر الداكن وبالتحديد في المناطق الغربية منه.
سمي البحر الأحمر بهذا الاسم نسبة لنوع من أنواع الطحالب يطلق عليها اسم "نشارة البحر" و التي تسمى بالإنجليزية (Trichodesmium erythraeum) فعندما تموت زهور هذه الطحالب يتحول لون البحر إلى البني المحمر.