في الغالب لا تحدث الالتهابات الفطرية في المسالك البولية الا في حالات خاصة كالمرضى ذوي المناعة القليلة كالذين يتلقون بعض العلاجات المناعية، او الكورتيزون ، وتحدث ايضا هذه الالتهابات نتيجة لوضع قسطر البول . العلاج : الامفوتيراسين بي حيث يتم غسل المثانة البولية لمدة 7 ايام. او بواسطة الوريد. ودواء الفلوكينازول flucenazole بواسطة الفم لمدة 4-7 ايام.