يتم تشخيص الامراض الباطنية عن طريق عمل مجموعة من الفحوصات السريرية والمخبرية و التصويرية بالاضافة لمتابعة الاعراض الظاهرة على المريض و تاريخه المرضي و تاريخ العائلى المرضي، ومن طرق التشخيص:
اجراء تحاليل مخبرية لعينات البراز في حال وجود مرض باطني بالجهاز الهضمي.
اجراء فحص سيولة الدم.
اجراء فحص تعداد الدم.
اجراء فحص سرعة ترسيب كريات الدم الحمراء و ذلك للكشف عن وجود التهابات داخلية مثل الروماتيزم.
اجراء فحوصات مناعية للاجسام المضادة للفيروسات في حال وجود التهابات فيروسية.
صور أشعة.
صور تلفزيونية لمتابعة سلامة الاوعية الدموية.
اجراء تحليل زراعة للبول في حال وجود التهاب مسالك بولية.
تشخص الأمراض الباطنية من قبل الطبيب المختص باتباع ما يأتي : *سؤال الشخص عن الأعراض التي يعاني منها . *التشخيص السريري و ذلك بوضع يده على بطن المريض و الضغط على المناطق المختلفة لمعرفة مكان الألم و وجود أي انتفاخ أو كتل . *تحليل الدم المخبري . *تحليل البراز . *التظير العلوي أو السفلي بإدخال شريط رفيع معه كاميرا صغيرة موصولة مع شاشة لمشاعدة ما داخل الجسم . *إجراء الصور التشخيصية ، مثل الأشعة السينية ، الطبقية و غيرها .
*من خلال الفحوصات السريرية المتعددة بإستداخ بعد الادوات مثل السماعات الطبية والمطرقة الطبية وما إلى ئالك * اخذ تاريخ مرضي دقيق من المريض يعد حجر الاساس في التشخيص السليم لاي حالة مرضية * يتبع ما سبق اجراء فحوصات مخبرية وصور اشعة بمختلف الاجهزة المتطورة التي تساعد على كشف الامراض مثل جهاز الرنين المغناطيسي وتخطيط القلب والدماغ