يعتمد العلاج على السبب المؤدي للتقرحات في الحلق، فإن كان السبب التهابا بكتيريا، فهو يعالج بالمضادات الحيوية. أما إن كان فطريا فهو يعالج بالأدوية المضادة للفطريات. وتستخدم ايضا المسكنات للتخفيف من الالم، وقد يقوم الطبيب بوصف غسول معين للفم للغرغرة به. كما وينصح بتناول المثلجات للتخفيف من الأعراض
يعتمد علاج تقرحات الحلق على المسبب الذي أدى إلى الاصابة بتقرحات الحلق ، و التي غالبا ما تكون بسبب الاصابة بالتهاب فيروسي أو بكتيري ، أو الاصابة بجفاف حاد بالحلق بسبب تعرضه للحساسية ، و يكون العلاج على حسبب السبب كما يلي :
إذا كان المسبب هو التهاب فيروسي ، فغالبا لا يحتاج المريض إلى علاج فقد يشكل الجسم أجسام مضادة للفيروس ، بحيث تختفي تلك التقرحات خلال فترة بسيطة لا تتجاوز الاسبوع .
إذا كان المسبب هو عدوى بكتيرية ، فيمكن التخلص من تلك العدوى عن طريق تناول المضادات الحيوية ، و مسكنات الالم مثل الباراسيتامول و الايبوبروفين
كما يمكن التخفيف من حدة التقرحات عن طريق المضمضة بالماء و الملح ، و الاكثار من شرب الماء و السوائل ، و ترطيب الحلق عن طريق ترطيب هواء .