تشوهات الجنين قد تحدث في اي فترة اثناء الحمل ولكن تزيد نسبة هذه التشوهات في الاسابيع الاولى من الحمل وذلك لان الاعضاء الرئيسةه تتكون في هذه الفترة . السبب الاكثر شيوعا الى حدوث تشوهات الجنين هو الامراض الوراثيه مثل متلازمة داون، متلازمة ادوارد، متلازمة باتاو، متلازمة تيرنر وغيرها من الامراض الوراثية. اخذ الادوية غير المناسبة في الاسابيع الاولى من الحمل مثل ادوية الضغط ACEI، وادوية مرض الصرع PHYNETOIN، وبعض المميعات مثل WARFARIN يؤدي الى حدوث تشوهات متنوعة في الجنين. التعرض الى جرعات عاليه جدا من الاشعاعات اثناء الاشهر الاولى من الحمل يؤدي الى حدوث بعض التشوهات في الجنين. نزول ماء الراس في الاسابيع الاولى من الحمل يؤدي الى عدم تكون الاطراف والرئتين مما يؤدي الى تشوهات في الجنين.