أمراض المناعة الذاتيّة:تشمل أمراض المناعة الذاتيّة أمراض الغدة الدرقيّة، والتهاب المفاصل الروماتويديّ، إذ يُهاجم جهاز المناعة في الجسم المبايض ويمنعها من إنتاج الهرموناتِ بدلاً من مهاجمة الأمراض ممّا قد يؤدي إلى انقطاع الدورة الشهرية مُبكراً.
فيروس نقص المناعة البشرية:قد تعاني النساء المصابات بفيروس بنقص المناعة المبشرية من انقطاع الدورة الشهريةِ المُبكر إذا لم يتم التحكم بالفيروس بشكل جيد من خلال الأدوية، ومن الجدير بالذكر أنّ النساء المصابات بفيروس نقص المناعة البشرية يعانون من الهبات الساخنة أكثر من النساء غير المصابات.
خلل في الكروموسومات:النساء اللاتي ولدن مع وجود نقصٍ في عدد الكروموسومات أو مشاكل في الكروموسومات قد يعانينَ من انقطاع الدورة الشهرية مبكراً، كالنساء المصابات بمتلازمة تيرنر (بالإنجليزية: Turner’s syndrome).
متلازمة التعب المزمن:إنّ النساء المصابات بمتلازمة التعب المزمن (بالإنجليزية: Chronic fatigue syndrome) يعانون من التعب الشديد، والضعف، وألم في المفاصل والعضلات، وفقدانٍ في الذاكرة، بالإضافة للصداع وأعراضٍ أخرى، وهم أكثر عرضة لانقطاع الدورة الشهرية مُبكراً.
لعلاج الكيميائي أو علاج الحوض بالأشعة:قد يُسبب التعرض للعلاج الكيميائيّ أو علاج الحوض بالأشعة لعلاج سرطانات الجهاز التناسليّ ضرراً للمبايض، ممّا قد يسبب توقف الدورة الشهرية عند المرأة، أو مشاكل في الخصوبةِ، أو حتى فقدان الخصوبة بعد التعرض للعلاج مباشرة أو قد يستغرق ذلك عدة شهور، ويعتمد انقطاع الدورة الشهرية على نوع العلاج الكيميائي ومدة استخدامه، وعلى عمر المرأة وقت العلاج؛ إذ تقل فرصة تعرض المرأة لحدوث انقطاع الدورة الشهرية كلما كانت أصغر سناً.
جراحة إزالة المبايض:يؤدي الاستئصال الجراحي لكلا المبيضين أو ما يُسمى باستئصال المبيضين (بالإنجليزية: Oophorectomy) إلى انقطاع الدورة الشهرية على الفور وانخفاض مستويات الهرمونات بسرعة، وقد تعاني المرأةُ من أعراض انقطاع الدورة الشهرية في الحال؛ مثل الهبات الساخنة أو انخفاض الرغبة الجنسيّة.