تستخدم الجراحة النفسيه لعدد محدود من المتلازمات المرضيه من الناحية الفصامية والحاله الوسواسية وتتمثل بالأمراض التأليه: ١-عند إصابة الفرد بحالة فصام شديده يترافق معها في نفس الوقت العدوانيه. ٢-إصابة الفرد بأحد الحالات الوسواسيه التي تكون شديده. ٣-التفاعلات الخطيره الناتجه عن داء الصرع. ٤-الانحرافات الجنسيه الخطيره مثل انحراف (عشق الاطفال). ومايزال موضوع الجراحة النفسيه موضوع جدلي حيث ان هناك من يؤيده وهناك من يعارضه. حيث ان الجراحة النفسيه تقوم بعمل جراحي في الدماغ.
تستخدم فى حاله استنفاز جميع طرق العلاج الدوائي والجلسات النفسيه منذ اكتشاف المرض لدى المريض، ويستخدم هذا النوع منذ 1930م، وتستخدم للاضطرابات النفسيه والعصبيه منها// الصرع، الوسواس القهري، الاكتئاب الذهاني، اضطراب الباركنسون او شلل الرعاش، والفصام العقلي والفصام الوجداني.
الجراحة النفسية تستخدم احياناً في الوسواس القهري المقاوم للعلاج، و في بعض حالات الاكتئاب المقاومة للعلاج ، وفي بعض الحالات الفصام المقاوم للعلاج ، و لكن ثبت لغاية هذا التاريخ فشل جميع العمليات الجراحية في الامراض النفسية و بالتالي ليس داعاً لها .