نتج عن الحمله الصليبيه الثالثه , نشوب خلافات كبيره بين كل من امبراطور المانيا فريدريك الثاني هوهشتاوفن , و البابا اونوريوس الثالث , و البابا غريغوريوس التاسع , و نتج عن تلك الخلافات , حرمان الامبراطور فريدريك الثاني من الكنيسه .
و ادت تلك الحمله ايضا الي ان اصبحت تلك الحمله التي تمت بعد الموعد المحدد من البابا , ان كانت تلك الحمله , هي الحمله الصليبيه الاولي التي لم تحظي بمباركه الكنيسه و وصف البابا الامبراطور فريدريك الثاني , بأنه ذاهب لسرقه مملكه القدس , و انه قرصان .
و ادت تلك الحمله ايضا الي سقوط قبرص و عكا , و التفاوض مع السلطان الكامل علي الصلح لمده عشر سنوات , و هو ما قبله السلطان الكامل في مقابل التنازل عن القدس و المدن المحيطه بها باستثناء منطقه الحرم القدسي الشريف .
و ادت تلك الحمله ايضا لزياده العناد بين الامبراطور فريدريك الثاني , الي ان توج نفسه بنفسه في كنيسه القيامه بعد رفض كافة الباباوات في تلك الكنيسه تتويجه