لقد توفي السلطان سليمان القانوني بشكل طبيعي في العام 1566م وذلك خلال معركة سيكتوار التي لم يشاهد الانتصار فيها بسبب وفاته، وقد قيل أيضا بأنه قد توفي نتيجة إصابته بمرض النقرص والذي اشتد عليه خلال معركة سيكتوار، كذلك قيل بأن سبب الوفاة يرجع إلى نزيف داخلي في الدماغ، ولكن الارجح بأنه قد توفي بشكل طبيعي. حيث قاد السلطان سليمان القانوني جيوش العثمانين في معركة سيكتوار في المجر، حيث لم يستطيع السلطان مشاهدة انتصار الجيوش العثمانية في هذه المعركة نتيجة وفاته المفاجئة. ولقد أخفى قادة الجيش ومستشاروا السلطان خبر وفاة السلطان عن الجند وعن عائلة السلطان، وقاموا بدفن أحشاء السلطان في المجر بعد وضعها في إناء من الذهب، ولقد تم تحنيط جثة السلطان القانوني وتم وضعها في مسجد السليمانية في اسطنبول.
توفي السلطان سليمان القانوني وفاة طبيعية وكان هذا في العام ألف وخمسمئة وستة وستين إذ مرض مرضا شديدا أثناء حصاره لحصن سيكتوار في المجر وقد حنطت جثته ووضعت في تركيا. يذكر أن السلطان سليمان القانوني كان له العديد من الإنجازات في نظام الحكم إذ أنه استطاع ترتيب أركان الدولة.