هناك مخاطر كثيره وعديده تواجهه عمليه التخزين السعلى منها ما يلى : اولا تتطلب عمليه التخزين اموال كثيره واماكن تخزين مكلفه لنوع البضاعه حتى لا تتلف او تتعرض للضرر من التخرزين ثانيا تتعرض بعض السلع للتلف والضرر نتيجه سوء التخزين وها يسبب تكاليف وخساره كبيره وفقد فى كميه المخزون ثالثا اضطرار صاحب الشروع او المخزون الى استبدال التالف او دفع ثمنه فى المده المطلوبه مما يعرضه لعقوبات او مخاطر سداد قيمه مضاعفه او شرط جزائي
البضاعة منذ دخولها للمخزن إلى أن يتم تصريفها إلى السوق فهذا كله يحتاج إلى العديد من الخيارات للتعامل معه، و وجوده في المخزن بشكل مستمر من شأنه أن يترتب عليه العديد من المخاطر تتمثل فيما يلي:
تكلفة الاحتفاظ بالخزون ستزداد وبالتالي سيزيد العبء على المنشأة.
الاهتمام بالمخزون السلعي يحتاج إلى كادر خاص من الموظفين وبالتالي سيرفع تكلفة الأجور.
دخول البضاعة إلى المخزون بكميات كبيرة وضخمة مع تراجع الطلب من شأنه أن يؤدي إلى تلف البضاعة وبالتالي زيادة الخسائر لدى المنشأة.
قيام المنشأة باستيراد كميات كبيرة من البضاعة هذا سيعرضها للتقادم خصوصا مع التطور التكنولوجي الحاصل حيث يوميا نشهد دخول منتجات جديدة إلى السوق.
التخزين السلعي الكبير يزيد من احتمالات السرقة والنسيان بسبب عدم القدرة على احتواء هذا الكم الكبير من البضاعة.
تتطلب عملية التخزين الثروة على شكل سلع ونفقات تخزين وتثقل كاهل المختزن قد تتعرض بعض السلع الى التلف والفساد او الى النقص فى القيمة نتيجة لمرور زمن مما يدفع المالك الى استهلاكها بسرعة فى غير وقت الحاجة اليها او يطر الى استبدالها بسلع اخرى ليس بحاجة لها قد يستطيع المجتمع خلال فترة التخزين ايجاد سلعة بديلة عن السلع المخزنة مما يؤدي لفقدان قيمتها او عدم الحاجة اليها