من أهم عيوب المنهج الأستبطاني ان المفحوص يتعمد تضليل الباحث ويعطيه معلومات كاذبة كمان ان المفحوص اثناء الاستبطان ينقسم الي ملاحظ وملحوظ في وقت واحد كما يصعب استخدام أسلوب الاستبطان مع الأطفال ومع منخفضي القدرة اللغوية وأثناء مواقف التفكير العميق أو الانفعالات الحادة أو الاعمال الشاقة