يواجه القطاع الزراعي في الأردن الى العديد والعديد من المشكلات التي تمنع من تطور وازدهار هذا القطاع في الاردن ، ومن أهم هذه الأسباب هي :
الضعف الشديد في عملية التسويق الزراعي سواء كان داخليا أو حتى خارجيا . الضعف من قبل المزارعين من خلالة دراسة والتخطيط للموسم الزراعي واحتياجات السوق . الجفاف من المشاكل الرئيسة من تدني القطاع الزراعي وذلك بسبب التصحر . انخفاض وتناقص كذلك الأراضي الزراعية بسبب الزحف العمراتي والبناء . محدودية الموارد المائية لقلة الأمطار .
يعاني القطاع الزراعي في الأردن من مشاكل كبيرة يصعب حل بعضها ، ومن أبرزها ندرة المياه في الأردن وقلة الموارد الطبيعية للمياه ، ووجود صعوبة في انشاء هذه الموارد لأن الإقتصاد العام للبلد لا بوجد مصادر أو ثروات له ، وأيضا قلة الأراضي الصالحة للزراعة والتي يكون غالبيتها في المدن ، لعدم وجود أرياف بسبب الطبيعة الصحراوية للأردن ، والأراضي الصالحة تتقلص بسبب ازدياد عدد السكان والتعمير المستمر ، وهذا يسبب عدم اكتفاء ذاتي من المحاصيل ، وتلجأ الحكومة الي إستيراد الكثير من المنتوجات والثمار من الخارج .