لماذا شبه ديكارت في قوله : الفلسفة شجرة جدورها ميثافيزيقا و جدعها العلم الطبيعي و أغصانها المتفرعة عن هذا الجذع الميكانيكا و الطب و الأخلاق .) و ماذا يقصد بهذا التشبيه؟

شبه ديكارت الفلسفة هنا بالشجرة لأنها وحدة متكاملة تنبت جذورها من الميتافيزيقيا وهي بالنسبة لديكارت علم يمكن إثباته من خلال البراهين مثل الرياضيات، يتكون جذعها الفيزيقيا التي تهتم بالبحث عن المبادئ الصحيحة للماديات المرتبطة بطبيعة الأرض والأجسام، وطبيعة الإنسان، ينتج من هذه الجذور الميتافيزيقية الذي نما جذعها الفيزيقي جميع العلوم الأخرى مثل الطب والميكانيكا والأخلاق. 
يجب أن ننتبه هنا أن الفلسفة هي العلم الشامل الذي يبدأ بدور الإنسان بالبحث عن الأدلة والبراهين، وينتهي بالأخلاق التي بدونها لن تكتمل الفلسفة أبداً.

يشتمل تشبيه ديكارت على جذور و جذع و اغصان تحمل ثمار وهذه العناصر تؤلف شجرة أي بما معناه تؤلف وحدة واحدة وقد شبه ديكارت الفلسفة بالشجرة او بالوحدة الواحدة لانه كان من انصار " وحدة المعرفة " اي ان المعرفة هي وحدة واحدة ولها فروع ولكنها في النهاية تؤلف كيانا واحدة
وقد تم تفسير هذا التشبيه بأكثر من تفسير كل تفسير منها يعتبر بحثا كاملا لا استطيع كتابتها جميعها هنا فإذا أردت الاطلاع عليها وقراءتها جميعها في موجودة في هذا الموقع  https://www.hindawi.org/books/64625053/3/